La filiation de la famille est connue depuis Guillaume Eugène Magnin (alias Maignin), vivant à Lons-le-Saunier (Jura) en 1580 et qualifié de noble. Parmi ses nombreux enfants, il eut notamment Charles, chanoine de Poligny (Jura), Guillaume, Claude et Pierre, tous anoblis par lettres patentes du 10 février 1601, les trois derniers pour faits de guerre. Ces lettres n'étaient en réalité que recognitives car on trouve aux Archives du Doubs, dans la série B (Chambre des Comptes), une "institution de capitaine pour Sa Majesté des seigneuries d'Andelot et de Coligny, en faveur de noble Pierre Maignin, de Lons-le-Saulnier, écuyer", en 1583.
Noble Pierre Magnin (alias Maignin), de Lons-le-Saunier (Jura), écuyer, épousa demoiselle Claudine Charreton qui lui donna deux fils :
1) - Noble Jean Ferdinand Magnin (alias Maignin), capitaine-châtelain du château de Châtillon-sous-Maîche (Les Terres de Chaux, Doubs) du 7 août 1617 à 1649 laissant alors son poste à Jean Baptiste Pelletier, de Saint-Julien (Doubs).
2) - Noble Philibert Louis Magnin (alias Maignin), chevalier, lieutenant de son frère, capitaine-châtelain de Châtillon-sous-Maîche (Les Terres de Chaux (Doubs), né à Lons-le-Saunier (Jura), demeurant à Fleurey (Doubs), épousa 1) demoiselle Othilie Hendel, de Porrentruy (Suisse) qui lui donna :
- Marie Antoine Magnin, née et baptisée en temps de guerre au château de Châtillon-sous-Maîche le 13 avril 1636 (parrain : noble Philippe-Antoine Colin, seigneur à Valoreille (Doubs) ; marraine : demoiselle Marie Anne Hendel, fille de noble Jean Thomas Hendel, de Porrentruy (Suisse), conseiller du prince-évêque de Bâle (Suisse)), qui épousa en l'église de Chaux-les-Châtillon (Les Terres de Chaux, Doubs), le 1er juin 1655, Jean Ferdinand Faivre de Courcelles, juge-châtelain de la seigneurie de Vaucluse (Doubs) et procureur fiscal de la seigneurie de châtillon-sous-Maîche.
Noble Philibert Louis Magnin épousa 2) en l'église de Chaux-les-Châtillon (Les Terres de Chaux, Doubs), le 23 novembre 1638 (1), Anne Marie Bassand qui lui donna :
- Charles François Magnin, né et baptisé au château de Châtillon-sous-Maîche le 17 décembre 1639 (parrain : noble Jean Ferdinand Magnin, gouverneur du château de Châtillon-sous-Maîche ; marraine : Ligière Gurnel, veuve d'honorable Bénigne Bassand, de Dambelin (Doubs)), décédé à Fleurey (Doubs) le 17 mars 1696, inhumé dans l'église paroissiale de Chaux-les-Châtillon, Les Terres de Chaux (Doubs). Il épousa à Chaux-les-Châtillon (Les Terres de Chaux, Doubs), le 28 janvier 1672, honnête Claudine Farey, née à Fleurey (Doubs) le 9 novembre 1642, fille d'honorable Pierre Farey, de Fleurey, et de Jeannette Pommey, qui lui donna : a) Claude François Magnin, née à Fleurey (Doubs) le 9 août 1672, baptisée à Chaux-les-Châtillon, Les Terres de Chaux, Doubs (parrain : Jean François Magnin; marraine : demoiselle Claudinette Faivre); b) Anne Catherine Magnin, née à Fleurey (Doubs) le 29 novembre 1674, baptisée à Chaux-les-Châtillon, Les Terres de Chaux, Doubs) (parrain : Pierre Hyacinthe Magnin; marraine : Anne Etiennette Vesseaux). Elle fut marraine de Pierre François Miget, fils de Pierre Antoine Miget, de Fleurey (Doubs), et de Jeanne Ponsot (alias Ponceot), né à Fleurey (Doubs) le 09.09.1687, baptisé à Chaux-les-Châtillon, Les Terres de Chaux (Doubs); c) Anne Baptiste Magnin, née à Fleurey (Doubs) le 26 janvier 1681, baptisée à Chaux-les-Châtilllon, Les Terres de Chaux, Doubs (parrain : Charles Ambroise Magnin; marraine : Jeanne Baptiste Faivre, de Courcelles-les-Châtillon, Les Terres de Chaux, Doubs); d) Charles Joseph (dit Joseph) Magnin, né à Fleurey (Doubs) le 28 février 1683, baptisé à Chaux-les-Châtillon, Les Terres de Chaux, Doubs) le 28 février 1683 (parrain : Sieur Claude François Magnin, remplacé par le sieur Claude François Cugnottet, de Saint-Hippolyte (Doubs); marraine : Françoise Magnin, de Fleurey (Doubs), remplacée par Jeanne Marguerite Faivre, de Courcelles-les-Châtillon, Les Terres de Chaux, Doubs), décédé à Courcelles-les-Châtillon, Les Terres de Chaux (Doubs), le 25 mars 1703, inhumé le lendemain à Chaux-les-Châtillon, Les Terres de Chaux (Doubs); e) Claude Alexis Magnin, né à Fleurey (Doubs) le 20 novembre 1686, baptisé à Chaux-les-Châtillon, Les Terres de Chaux, Doubs (parrain : Jean Claude Farey, de Fleurey (Doubs); marraine : Jeanne Marguerite Faivre, de Courcelles-les-Châtillon, Les Terres de Chaux, Doubs), décédé le 6 avril 1696, inhumé dans l'église de Chaux-les-Châtillon, Les Terres de Chaux (Doubs); f) François Ambroise Magnin, frère jumeau du précédent, né à Fleurey (Doubs) le 20 novembre 1686, baptisé à Chaux-les-Châtillon, Les Terres de Chaux, Doubs (parrain : François Robert, de Fleurey (Doubs); marraine : demoiselle Jeanne Petitot (de Clerval, Doubs))décédé le 6 avril 1696, inhumé dans l'église de Chaux-les-Châtillon, Les Terres de Chaux (Doubs).
