Les rapports de la Logique aux deux autres parties de l'Encyclopédie des Sciences philosophiques ne sauraient se réduire à l'application des catégories de la première aux objets concrets des suivantes. S'il est clair que la rationalité de l'Encyclopédie doit être saisie dans l'articulation du principe logique et des domaines toujours particuliers de son effectuation, encore faut-il déterminer les modalités et le statut d'un tel rapport. Pour interroger ce rapport, il faut à la fois comprendre le statut de la Science de la Logique dans l'ensemble du système et étudier la relation à chaque fois spécifique de la philosophie aux sciences empiriques concernées.