Philosophe et théologien africain, Jean Isidore Nkondog, s’intéresse de prêt aux questions d'authenticité des Églises en Afrique et de leur nécessaire dialogue avec les Églises en Occident. Il développe et plaide pour ce qu'il appelle, un christianisme métissé tant en Afrique qu'en Occident. Il analyse le poids de la colonisation dans la marche des Églises en Afrique, interroge le rôle de l'Eglise dans les sociétés africaines et propose des pistes pour une reprise en main créatrice du christianisme en Afrique. Ses recherches actuelles portent sur la synodalité des Eglises d'Afrique et d'Occident, qu'il considère comme une question oubliée.