L'enseignement et les publications scientifiques de Paul Jonckheere s'articulent autour de quatre thèmes :

1. Toute étude concernant les phénomènes humains requiert une conception de l'homme conforme à son essence. Paul Jonckheere traduit Dasein, mot-clé de l'œuvre de Heidegger, par être-ouvert.
L'homme est, de par son essence, être -ouvert et être de désir. Anaximandre écrivait : "L'origine, l'injonction donnée aux étants : l'infini". La vie concrète est certes souvent parsemée d'échecs et d'espoirs déçus. Les romanciers décrivent la vie et les hommes tels qu'ils sont : parfois sublimes, souvent médiocres, modérément heureux ou malheureux, capables de sainteté mais aussi, du mal absolu. Au niveau ontologique, l'homme est, originairement, Dasein et ouverture. L'être humain est celui dont l'essence est de penser l'existence, d'entretenir un rapport particulier à l'être, au monde et à l'autre, d'être ouvert au partage et à l'idée de Dieu.

2. Si la conception existentiale de l'homme est globalement humaniste, voire idéaliste, elle est tempérée par la constatation qu'il est imparfait et fragile. Il est limité par le réel ainsi que par les failles, souvent inconscientes, de sa structure psychique. De plus, l'analyse existentiale insiste sur l'incomplétude, sur l'être-en-vue-de-la-mort, sur la finitude. Ontologiquement, l'homme n'est pas le fondement de son être, il est "en faute" d'un fond. C'est sur cet Abgrund, sur ce manque de fond qu'il essaie de "se réaliser".

3. Conformément à l'étymologie du mot latin religio, les religions ont pour mission d'aider l'homme à établir une rencontre, un lien avec Dieu. Ce lien peut être perverti par divers facteurs d'ordre personnel ou socioculturel. Saisies hors de leur contexte historique, interprétées au sens littéral, les religions peuvent conduire aux pires égarements. Une tâche essentielle de l'humanité, au XXIe siècle, pourrait consister à penser un autre rapport avec Dieu.

4. La méthode phénoménologique de Husserl, la consigne de réduire le champ de l'observation à ce qui apparaît et de mettre tout préjugé entre parenthèses, constituent, des propositions à portée universelle. En l'occurrence, la phénoménologie se révèle particulièrement féconde en psycho(patho)logie, en criminologie, ainsi que dans d'autres domaines de l'activité psychique. Outre les concepts introduits par Binswanger, Paul Jonckheere insiste sur l'existentialité du symptôme : tout symptôme renvoie, au-delà des déterminants du corps, des pulsions et de l'inconscient, à la structure de l'être-au-monde, c'est-à-dire, au temps et à l'espace vécus, au rapport avec le corps et avec les autres, au rapport avec la mort. Autre concept-clé : le thème existentiel : "Il s'agit d'une représentation ou d'une idée qui s'impose au sujet sous la forme d'une image, d'un fantasme, d'une conception du monde, ou encore, d'un projet, d'un idéal, d'une vocation qui le poursuit au cours d'une période qui peut être longue, jusqu'à moduler, animer et déterminer toute sa vie consciente et inconsciente (…). La recherche et la mise en évidence du thème peuvent avoir une valeur herméneutique, voire thérapeutique, considérable".
Paul JONCKHEERE, né à Anvers, réside en Belgique romane. Il est médecin neuropsychiatre, thérapeute phénoménologue et membre de la Fédération internationale de Daseinsanalyse. Maître de conférences à l'Université catholique de Louvain, il y introduisit l'enseignement de la médecine psychosomatique et de la psychopathologie phénoménologique. Médecin-chef adjoint à la Clinique psychiatrique de l'université puis, chef de clinique-adjoint aux Cliniques universitaires Saint-Luc à Bruxelles, il créa, dans la mouvance de mai'68, un centre de thérapie communautaire pour jeunes psychotiques, et, en 1983, le Groupe d'étude de phénoménologie clinique. Conseiller scientifique honoraire de la Fondation Delacroix, il dirige actuellement des thèses sur la phénoménologie de la passion chez des figures emblématiques telles que Vincent van Gogh, Luigi Pirandello et Franz Liszt.