Le processus décisionnel de l'UE nécessite la coopération des institutions européennes et des administrations nationales. En France, cette mission a été confiée au Secrétariat général du Comité interministériel pour les questions de coopération économique européenne (SGCI) créé en 1948 et devenu Secrétariat général des affaires européennes (SGAE) en 2005, placé sous l'autorité directe du Premier ministre. Le SGAE est chargé de rapprocher les positions des administrations françaises sur les dossiers européens en cours et, en cas de divergences, rendre les arbitrages techniques nécessaires.