Créé à la fin du XVI^e siècle, le royaume de Saxé s’étend jusqu’à la Côte-sous-le-Vent, où le roi Kpassè fonde Gléxwé (Ouidah). Grâce à sa position stratégique et ses voies navigables, Ouidah devient un centre névralgique de la traite transatlantique avant d’être intégrée au royaume du Danxomè en 1727. Dès lors, le bourg se mue à la fois en porte océane et en comptoir du Danxomè.
Avec le recul des Européens dans la traite, Ouidah accueille de nombreux Afro-Brésiliens qui participent à la reconversion de l’économie locale vers le commerce de l’huile de palme. Ce commerce attire l’intérêt des puissances européennes, qui voient en Ouidah un enjeu stratégique. La ville est annexée par la France en 1892.
Sous administration coloniale, Ouidah perd son dynamisme au profit de Porto-Novo et Cotonou. Les priorités coloniales et les crises économiques de l’entre-deux-guerres entraînent son déclin, devenu irréversible dans les années 1950.