L'Analyse ontologique étudie l'humain et l'individu, étant à ce titre une anthropologie ; il se trouve qu'elle recoupe celle de Rousseau sur certains points précis. Cette coïncidence permettant en particulier une exploration du phénomène de la croyance, c'est sur elle que se fonde cette étude pour mettre en lumière le coût ontologique de la croyance aussi bien pour l'individu que pour l'humanité – le coût de Dieu – à travers le cas spécifique de Jean-Jacques Rousseau lui-même, à la fois philosophe et Croyant. L'étude se structure en trois temps : I. ROUSSEAU ET LA TENTATIVE PHILOSOPHIQUE envisage comment le philosophe Rousseau, après avoir récusé le Religieux dans ses Discours, fonde le Politique, par une éducation avec L'Émile et une institution avec le Contrat social. II. JEAN-JACQUES ET LA TENTATION RELIGIEUSE analyse La Nouvelle Héloïse, le roman du Croyant Jean-Jacques, et en particulier les attitudes et comportements des personnages pour brosser le portrait du Croyant, et l'utopie de Clarens pour brosser le tableau du Religieux. III. ENTRE ASCENSION PHILOSOPHIQUE ET PERDITION RELIGIEUSE suit d'abord pas à pas Rousseau dans l'émergence de sa pensée telle qu'elle est restituée dans les Confessions, puis se concentre sur le naufrage dans le Religieux de Jean-Jacques tel qu'il peut être saisi à travers le Lévite d'Éphraïm et grâce à certains passages des Dialogues. Il s'agit de montrer, avec le cas emblématique de Jean-Jacques Rousseau, à la fois un dénonciateur, un acteur et une victime du Religieux.